2018年11月,巴丹核电站内部。
腐败丑闻之外,核电站安全问题在动工之初就被人质疑。马科斯当时任命的核专家艾布(Librado Ibe),曾表示有因收贿而“不情愿地”在巴丹核电站的建造许可上签了字。1979年由巴丹核电站安全委员会(Commission on the Safety of the Bataan Nuclear Power Plant)提交的报告中,指出核电站“保安措施不足,可能对公众健康和安全构成潜在危害”,并列举了核废料储存与建物设计的诸多缺陷。尽管如此,马科斯仍在1981年1月下令继续工程,并与西屋公司重新拟定了合约,增加100多项关于监管安全的要求。
1984年巴丹核电站完工,国际原子能机构(InternationalAtomic Energy Agency )顾问阿尔伯特(William Albert)奉命赴菲检查,又再次提出基础工程在焊接、工时、底板、管吊架、水值和传输电缆等方面存在问题。阿尔伯特将报告提交给菲律宾国家电力公司,但这些问题最终都未妥善处理。
当时的美国总统艾森豪威尔发起了“原子能和平利用计划”(Atom for Peace),菲律宾、印度尼西亚、越南、马来西亚和泰国等5国,在美国协助下建设了以医疗和研究为目标的“核研究反应炉”(Training, Research,Isotopes, General Atomics,取首字母简称为TRIGA)。
2017年东盟能源中心(ASEAN Centrefor Energy,ACE)发表的《关于在东盟建立核电站的预先可行性研究》(Pre-Feasibility Study on the Establishment of Nuclear Power Plant inASEAN)中,包括菲律宾在内的上述5国,因着核能基础设施、较先进的法规和监管机构,被视为东盟区域较积极执行核电计划的五个国家。