由于外部战争与内部菲共、穆斯林分离势力的动荡不安,菲律宾保安部队数度进出菲律宾国防体系编制,而双边人员频繁互调,让保安部队一度与空军、陆军、海军并列为菲律宾国防的四大支柱。在前总统麦格塞塞(Ramon Magsaysay1953-1957)任内,和美国中央情报局密切合作的保安部队担纲剿共的主力,旗下的尼涅塔突击队(Nenitacommando)成为中吕宋农民的恶梦,以酷刑与法外处决对待菲共嫌疑人而闻名。1975年,保安部队和地方警察部队、消防与狱政系统整合重组为国家警察总署(Intergrated National Police),菲律宾警察体系进一步成为独裁者马科斯镇压异己的铁腕部队,时任保安部队总监、后来成为菲律宾总统的拉莫斯(Fidel Ramos)指挥下的警察体系,曾犯下多宗人权侵害案件。
1979年12月,菲保安部队总监拉莫斯欢迎来访的印尼警察总长。
菲律宾警察体系的去军事化进程,要等到民主化后1991年才开始,当时国防部下属的保安部队改组成立菲律宾国家警察署(Philippine National Police),并交由文官掌权的内政部指挥。然而这切割并不完整,目前仍有相当数量的菲律宾警官并非菲律宾国家警察学院(Philippine National Police Academy)的毕业生,而是菲律宾军事学院(Philippine Military Academy)的校友,这是过去将菲律宾警察置于国防编制下的副作用。